Novalja je velmi dobře spojena se všemi dopravními směry. Trajektová linka PRIZNA – ŽIGLJEN, která je od Novalje vzdálená pouze 4 km, je v provozu celoročně a v letních měsících její provozovatel Jadrolinija, jezdí po celý den, každou hodinu, v případě potřeby nepřetržitě. Převoz trajektem trvá 10 minut.

Pag je s pevninou na jižní straně spojen pažským mostem. Tento směr příjezdu na ostrov Pag se využívá pro spojení s dálnicí ZÁHŘEB – SPLIT, populárně nazvanou DALMATINA. Ve stejném směru, přímo u dálnice, jen 70 km vzdáleno od Novalje, je letiště ZADAR.

Novalja je velmi dobře propojena autobusovými linkami se ZÁHŘEBEM, VARAŽDINEM, ZADAREM, SPLITEM A RIJEKOU. Antonio Tours

V Novalji bylo postaveno moderní autobusové nádraží s parkovištěm pro autobusy a s návazností do centra lokální linkou City bus.

Ze směru Rijeky denně pluje rychlá a komfortní katamaránová linka RIJEKA – NOVALJA (provozovatel Jadrolinije), která je dotována z programu podpory pro rozvoj ostrova, takže lodní lístek pro osobu stojí pouze 40 kn.

Po celý rok a hlavně v létě funguje v Novalje taxi služba.

Na severní straně ostrova, z Lunu pluje denně místní lodní linka na Rab.